Sesuai dengan Peraturan Menteri PPN/Kepala Bappenas Nomor 2 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian PPN/Bappenas dalam menjalankan tugasnya, Menteri Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Bappenas dibantu oleh Wakil Menteri/Wakil Kepala, Sekretariat Utama, Staf Ahli, dan Inspektorat Utama, dan 10 Deputi yang masing-masing membidangi bidang-bidang tertentu, serta 3 Pusat.